La réglementation est toujours un casse-tête au moment de monter sur le tracteur : ai-je le droit de broyer, de déchaumer, d'épandre l'engrais ? 

La gestion des CIPAN n'échappe pas à la règle de la complexité, d'autant qu'elles sont concernées par deux réglementations différentes : la directive nitrates et la PAC, via les SIE.

Avant toute chose, il est indispensable de rappeler que leur destruction chimique est interdite. Seules deux exceptions sont tolérées : pour des îlots conduits en TCS, non labourés au cours des trois dernières années et pour des parcelles totalement infestées par des adventices vivaces. Dans ce dernier cas, il est nécessaire de faire une déclaration auprès de la DDT.

L'utilisation d'un désherbant chimique est toujours possible après destruction des CIPAN ou des repousses. Un simple passage de cover-crop ou de canadien, enregistré en bonne et due forme dans le carnet de plaine comme action de destruction, permet leur usage à la suite. 

Les durées et dates minimales d'implantation varient selon le type d'interculture et si elles sont prises en compte ou non dans le calcul des SIE.

Ainsi, un CIPAN SIE doit être implanté entre le 1er juillet et le 1er octobre. Sa durée d'implantation dépendra de la culture suivante, tout comme les autres intercultures non SIE : pour une culture d'hiver, le couvert végétal doit rester un minimum d'un mois sans intervention et ne peut être détruit avant le 20 août. Dans le cas d'une culture de printemps, le délai d'implantation est de 8 semaines avec une destruction possible à partir du 1er novembre.